Una naturale svolta nell'impegno dell'Associazione Sant'Eustorgio Musica è la nascita della Scuola di Musica "Susanna Cappellotto". Questa struttura, che indubbiamente racchiude il progetto più articolato dell'Associazione, risponde in primo luogo alla crescita culturale della cittadinanza arcorese, dalla quale continua a trarre il più stimolante sostegno. Inaugurata nell'Ottobre del 1997, la Scuola di Musica vanta al suo attivo numerosi iscritti alle varie classi strumentali ed ai corsi complementari, offrendo programmi di studio ad indirizzo sia professionale che amatoriale. I corsi specifici dell'anno accademico sono integrati da corsi speciali e seminari, i quali oltre ad incrementare l'afflusso di studenti e amanti della musica, promuovono in modo efficace un ambiente culturale ed idoneo alla formazione musicale dell'individuo. Inoltre la Scuola di Musica promuove l'apertura verso le varie iniziative culturali e didattiche che operano nel territorio nonché ad iniziative di altri paesi, incoraggiando in questo modo una esperienza reale non circoscritta ai propri spazi fisici. Oltre ai titoli ministeriali presso i conservatori italiani, la Scuola di Musica "Susanna Cappellotto" offre la possibilità di ottenere i Certificati e i Diplomi del Trinity College London, la prestigiosa istituzione inglese che da oltre 100 anni realizza uno tra i programmi di formazione e verifica musicale di maggiore rilievo nel mondo. Gli esami del Trinity College sono svolti nella sede della Scuola ad Arcore da una commissione specializzata e appositamente nominata dall' International Examination Board. Presso la sede della Scuola è raccolta la gestione e la divulgazione dei vari programmi dell'Associazione "Sant'Eustorgio Musica", in particolare la Stagione Internazionale "Concerti d'Organo" e la Stagione di Concerti "Musica al Nuovo".